Что Упорядочивает Дробовик?
Упорядочивающий дробовик является методом ДНК, упорядочивающей, посредством чего в долгое протяжение ДНК физически врываются маленькое (приблизительно 2 000 пар оснований) фрагменты, которые клонированы, упорядочены, и собрали компьютерный анализ использования. Это было развито и сделано известное Крэйгом Вентером Celera Corporation. Родная мать развивала технику в 1996, работая в Институте Исследования Генома.
Вентер основал Celera в 1998 с миссией упорядочивания человеческого генома в течение трех лет. Эта цель была на прямой конкуренции с уже операционным проектом генома человека, консорциумом университетов, сотрудничающих, чтобы упорядочить человеческий геном, используя более старую стратегию, названную основанной на карте или упорядочивающий ОТ БАККАРА К БАККАРА. Этот метод вовлекал сначала ломку генома в 150 000 частей пары оснований под названием BACs, сборка BACs в заказе, и затем упорядочивания каждого БАККАРА подробно.
Целый упорядочивающий дробовика генома обходит создание и картографию BACs и начинается прямо в с упорядочивающей ДНК. Процесс начинается с приобретения образца высокой ДНК молекулярной массы от организма интереса и физически ломки этого в маленькие части, передавая это через узкоколейный шприц или sonicating это, способ сломать типовые звуковые волны использования. Стрижка - вероятностный процесс, таким образом, у последовательностей фрагментов будет некоторое наложение между ними. Стрижка определенно не создает 2 000 фрагментов пары оснований, необходимых для того, чтобы упорядочить, скорее фрагменты желаемого размера должны быть очищены от смеси.
Следующий шаг должен присоединиться к фрагментам ДНК с ДНК авиакомпании, названной вектором. Этот процесс известен как клонирование, и это создает упорядочивающую библиотеку, из которой последовательность всего генома будет созданный. Последовательность каждого клона в библиотеке определена, и компьютерный анализ используется, чтобы найти перекрывание, или непрерывные последовательности в каждом фрагменте. Сборка наложений создает contig, І, который является долгим непрерывным протяжением последовательности ДНК.
Клонирование дробовика будет обычно приводить к некоторым промежуткам между contigs, потому что некоторые последовательности отсутствуют в библиотеке случайно. Промежутки могут быть заполнены, делая новую библиотеку или при использовании известных последовательностей, чтобы простираться направленный наружу от contig. Поскольку дробовик, упорядочивающий фрагменты ДНК последовательностей наугад, много фрагментов упорядочены не раз, создавая большую уверенность, что последовательность правильна, чем если бы каждый фрагмент был только упорядочен несколько раз.
Человеческий геном был упорядочен и проектом генома человека, используя основанное на карте упорядочивание и Celera, используя упорядочивающий дробовик. Упорядочивающий дробовик является теперь привилегированным методом для других видов упорядочивающего генома. Полные геномы многих организмов, такие как завод <их> Arabidopsis thaliana , рис, корова, собака, цыпленок, шимпанзе, крыса, мышь, pufferfish, и много микроорганизмов были упорядочены этот путь.
